诺亚方舟的故事出自《圣经‧创世纪》。
上帝造了亚当、夏娃之后，由于他们偷吃了禁果，被逐出伊甸园。据说亚当和夏娃活了930岁，他们的子女无数，后代子孙传宗接代，越来越多，逐渐遍布整个大地。此后，渐渐产生了人类互相残杀的悲剧。人类打着原罪的烙印，上帝诅咒了土地，人们不得不付出艰辛的劳动才能果腹，怨恨与恶念日增。人们无休止地相互厮杀、争斗、掠夺，人间变成了炼狱。
上帝看到了这一切，对人类犯下的罪孽心里十分忧伤。上帝说：「我要将所造的人和走兽并昆虫以及空中的飞鸟都从地上消灭。」但他希望新一代的人能悔过自新，建立一个理想的世界。
在罪孽深重的人群中，只有诺亚在上帝眼前蒙恩。《创世纪》记载：「诺亚是个义人，在当时的世代是个完全人。」他的三个儿子闪、含与雅弗在父亲的严格教育下也没有误入歧途。
于是，上帝选中了诺亚一家：诺亚夫妇、三个儿子及其媳归八口，作为新一代人类的种子。上帝告诉他们7天之后就要实施大毁灭，要他们用歌斐木造一只方舟，分一间一间的造，里外抹上松香。这只方舟长300肘（以一肘等于0.52公尺计算，约是157公尺），宽50肘（26.2公尺），高30肘（15.7公尺）。方舟上边要留有透光的窗户，旁边要开一道门。方舟要分上、中、下三层。
上帝看到方舟造好了，就说：「看哪，我要使洪水在地上泛滥，毁灭天下，凡地上有血肉、有气息的活物无一不死。我却要与你立约，你同你的妻子、儿子、儿媳都要进入方舟。凡洁净的畜类，你要带七公七母；不洁净的畜类，你要带一公一母；空中的飞鸟也要带七公七母。这些都可以留种，将来在地上生殖。」2月17日那天，是诺亚600岁生日，海洋的泉源都裂开了，巨大的水柱从地下喷射而出，大雨日夜不停，降了整整40天。水迅速地上涨，漫过最高的山巅。凡是在旱地上靠肺呼吸的动物都死了，只留下方舟里的人和动物安然无恙。
220天之后，方舟在亚拉腊山附近停下，且洪水也开始消退。又经过了40天之后，亚拉腊山的山顶才露出。诺亚打开方舟的窗户，放出一只乌鸦去探听消息，但乌鸦一去不回。诺亚又把一只鸽子放出去，要牠去看看地上的水退了没有。由于遍地是水，鸽子找不到落脚之处，又飞回方舟。7天之后，诺亚又把鸽子放出去，黄昏时分，鸽子飞回来了，嘴里衔着橄榄叶，明显是从树上啄下来的。再过7天，诺亚又放出鸽子，这次鸽子不再回来了。诺亚601岁那年的1月1日，地上的水都退了。到2月27日，大地全干了。于是，上帝对诺亚说：「你和妻、儿、媳妇可以出舟了。你要把和你同在舟里的所有飞鸟，动物和一切爬行生物都带出来，让牠们在地上繁衍滋长吧。」于是，诺亚全家和方舟里的其他所有生物都出来了。后世的人们就用鸽子和橄榄枝来象征和平。
