1938年初，国民政府和军事委员会迁移武汉后不久，白崇禧在全中国率先提出「以游击战配合正规战，积小胜为大胜，以空间换时间」的持久战战略思想，旨在把日军拖入中国广大内陆的泥淖里面，拖长日军的补给线，从而由军事战发展为政治战、经济战，向敌军发动长期总体战，削弱敌军优势，最终战胜日军。此一战略思想为蒋介石所采纳，成为国策和抗日最高战略方针，对赢得整个抗战胜利起到了极其关键的重大作用。中共日后利用投共的李宗仁机要秘书程思远伪造历史，称白崇禧提出的持久战战略思想是因为受到毛泽东1938年5月发表的《论持久战》的启发。但是，大陆著名学者杨天石经过多方考证，发表专文说明，中共所称实为谬论。
1939年12月，白崇禧统帅指挥第4战区司令长官张发奎所部二十五个师共十五万四千多国军，包括第5军杜聿明所部的戴安澜、邱清泉、郑洞国等精锐之师，两度重挫消灭包括日寇「钢军」在内的日军精锐，取得了抗战以来首场攻坚战的胜利－－昆仑关攻坚战大捷。1944年，日军为了攻占战略要地桂林，共集结了近七个师团，十五万兵力，三百多辆坦克，三十多架飞机，大量重炮。白崇禧主动请缨，紧急自重庆赶赴桂林做战役部署，指挥不足二万名桂军及广西民团在无坦克飞机并缺乏火炮重兵器支持的苦境下，单凭轻兵器击毙一万六千名来犯日军，创造了日军侵华作战平均单日最高战亡兵员数，漓江之水被中日两军之血染为红色。在日本人的战史中，桂林保卫战是日本侵华战争中两次认为中国军队的勇猛程度要超过自己的战役之一，另一次则为白崇禧任总指挥的昆仑关战役。
此外，桂林行营主任白崇禧还指导了第九战区司令长官薛岳在长沙的三次会战。八年抗战，白崇禧以军委会副参谋总长身分先后兼任军训部长、校阅部主任委员、桂林行营主任、海军整建委员会主任等要职，不仅参与制定了国军各阶段对日作战计划，参与策划指挥多场大型会战，还为国军训练了二十万军事指挥人员，为赢得抗战胜利作出了重大贡献。1944年1月1日，国民政府授予他青天白日勋章。
战四平白崇禧大败林彪弃良将蒋介石痛失大陆
白崇禧与国民党内大多数人物不同，他对共产党认识的非常深刻透澈，他认为共产主义是中华民族旷古未有之祸害，必须坚决肃清。白崇禧一生，反共立场始终坚定如一，从不因为中共之蛊惑而有过丝毫动摇。
1945年抗战胜利后，白崇禧便一再强调：「对中共问题，除武力外，别无解决办法。」10月，国共签署双十协议，国民政府开始整编裁军，计划将国军由四百万裁减到二百万，由陈诚具体负责。李宗仁、白崇禧坚决反对，质疑此举恐「为匪壮势」。11月，白崇禧在参加复原整军会议前，期期认为不可裁军。他主张先剿共而后整军裁军，遂向蒋介石郑重建议，应乘抗日战胜余威，先将中共彻底剿灭，而后行宪，否则将给中共以可乘之机坐大。战后急于从事经济建设和推行民主宪政的蒋介石又未予采纳，事后局势之发展证明白崇禧的预见完全正确。
东北地区在抗战后的国共内战中，具有决定彼此生死存亡的重要性。日本投降之后，苏联红军迅速占领东北，把日本关东军的军火装备提供给中共。据当时的报告，林彪共军接受了「枪支十万支，大炮数千门及弹药、布匹粮食无数」。就在几个月前，整个八路军总共只有154门炮。苏军把投降的伪满洲国二十万军队交给中共整编，再加上成千上万新近失业的男子，为生活只好当兵，使得林彪共军从最初的六万人转瞬就发展到三十万，并成为共军中作战能力最强的部队。林彪是共军将领中最能战的「常胜将军」，号称东北「黑土地之狐」，率领四野占领了长春、哈尔滨、齐齐哈尔等重要城市。毛泽东命令林彪「不惜任何牺牲」、「死守长春」、「死守四平，寸土必争」。
1946年4月，国共双方在东北战略重镇吉林省四平开始了第一次主力决战。原先蒋介石曾下令限东北行营4月2日前攻下四平，可是国军北上进展迟缓，前后拖延几近两月，中间尚有挫败，蒋介石为此十分焦急。当战事持久拉锯不下，双方攻守最激烈的时刻，5月17日，蒋介石派首任国防部长白崇禧飞赴东北督战。「小诸葛」一到东北，即召开军事作战会议，国军士气大振。18日，白崇禧偕东北保安司令杜聿明赴前线指挥所督战，指挥杜属下孙立人新一军、廖耀湘新六军、陈明仁七十一军分三路向四平林彪共军进逼包抄。国军只用三天时间，于19日便彻底攻克收复四平，将林彪十多万共军打得丢盔弃甲，伤亡数万，林彪化妆成伙夫随残兵败将狼狈逃窜到哈尔滨。
此时林彪共军奄奄一息，正是彻底歼灭东北共军的千载难逢良机。白崇禧不顾蒋介石的指示，下令国军继续乘胜追击，自己立即飞返南京，向蒋介石当面解释，并提出穷追猛打，一举拿下哈尔滨、齐齐哈尔、佳木斯、满州里等重要城市，彻底剿灭东北共军、并乘机挥师歼灭华北聂荣臻共军的全盘计划。他还向蒋介石提出，自己希望能继续留在东北督战或者干脆直接指挥战斗。蒋介石没有同意，而是下令白崇禧立即返回南京主持国防部事，不要再管东北战事。在此国共双方生死存亡之关键时刻，将被灭顶的中共慌忙乞求和谈，美国总统特使马歇尔受周恩来所蛊惑，八次上庐山对蒋介石施以高压，蒋介石被迫宣布东北停战。林彪残兵败将因此而得到喘息机会，死灰复燃，从此国共双方军事力量惊天大逆转，最后东北和华北一并沦陷于林彪共军之手，此乃白崇禧将军一生的憾恨。
1948年10月，国军在东北辽渖战败已经成为定局。白崇禧提前4个月便向蒋介石提出「守江必守淮」的战略原则，并建议华中只设一个剿匪总司令部，由他自己统一指挥中原大军，集中兵力运用攻势防御，坚持长期对共军作战。蒋介石拒绝了白崇禧的建议，任命刘峙为战略位置更重要的徐州剿总司令，任命白崇禧为华中剿总司令驻守武汉。白崇禧当时便告诉蒋介石说：「中原大军分割使用，将来必败无疑。」此后刘峙奉命在徐州地区把几十万国军精锐摆成一字长蛇阵，结果被六十万共军集中优势兵力分割包围。
此后蒋介石看到败象凸显，大势不妙，于是同意启用白崇禧统一指挥中原两大剿总，又重新回到白崇禧4个月之前就提出的「守江必守淮」作战原则。但此时败局已定，共军随时可能发动淮海战役，重新调整部署几十万国军已经没有时间了。白崇禧在整夜痛苦思考后，认为在徐蚌战场投入兵力越多越徒增国军的损失，遂拒绝就任总指挥。白崇禧离开南京返回武汉华中剿总的第六天，六十万陈粟、刘邓共军就发起了淮海战役。由于国防部高级潜伏共谍郭汝槐和刘斐预先将国军作战计划密报中共，盗用国防部名义引国军陷入共军包围圈，并误导蒋介石做出错误判断，数次更改作战命令，最终五十五万蒋介石黄埔精锐在淮海被共军全歼。
临危难表忠心拒不投共辞世前谋奇策反攻大陆
1949年，国民党兵败如山倒，许多国军高级将领见大势已去，纷纷叛变投共。在共军攻击华中、华南前后，毛泽东、周恩来多次派密使企图策反白崇禧，甚至派人一直追到了广州、广西进行策反诱降。毛泽东甚至表示：「只要白健生愿意倒戈起义，一切好商量，此公好带兵，如愿起义，可继续带兵，建国后可让他带五十万国防军！」然而，白崇禧不为所动，仍然效忠于国民党和蒋介石，拒绝投共。他对劝降者说：「汉贼不两立，自古歌颂的只有断头将军，绝无投降将军。」
白崇禧将军一生中最难的决断莫过于他在1949年国难之时决定去台湾。临行前，他的多年至交立法委员何遂劝其慎行，并劝其乘机投共。白崇禧回答说：「我自追随蒋公北伐以来，殆逾二十载，既处遇顺境，亦处遇逆境，一生一世历史第一，我必对历史有所交代，生死利害，在所不计，君勿为此喋喋也。」
英明的白崇禧将军早已洞察了中共之阴毒邪恶，以与中华民国共存亡的决心，再度舍弃跟蒋介石的个人恩怨，从海南岛飞赴台湾。在1949年那个最艰难困苦的时刻，有人争一时，有人对千秋，而白崇禧将军做出了无愧于历史千秋、无愧于中华民族的伟大抉择。
1949年12月30日，白崇禧乘机抵达台湾。当时美国尚未跟台湾签订护卫台湾的防卫协议，台湾前景暗淡不明，风雨飘摇，陷入一片混乱，经济落后，物质生活贫乏，很多人到台后又悄悄去了美国、日本、泰国或香港等地。而白崇禧到了台湾之后，却把二十多位亲属从香港全部带到台湾。全家人住在台北松江路一幢旧式普通平房中，一直住到1966年白崇禧去世，每逢天下雨，白崇禧夫妇的卧室屋顶都会漏雨。
由于历史上的复杂原因，加上李宗仁在美国屡屡给蒋介石难堪，最后又不听白崇禧多年以来的苦心劝告，一意孤行从美国前往北京投共，白崇禧因此在台湾备受冷落甚至难堪。有一些朋友很不理解，但是白崇禧却回答说：「大陆丢了，我们是现役军人，负很大罪过，中央不处罚我，自己良心自责。台湾是复兴基地，祖国领土就只剩这一点点，希望在这生根发展回去，除此之外，现役军人死无葬身之处，跑到哪里去？」
1965年7月，白崇禧临去世前一年，此时他已经完全在一切军政权力之外，甚至屡受难堪和屈辱，但他心中最关心的依然是中华民国的前途，念念不忘光复中华河山，解救大陆同胞。当时美国跟越南共产党正打得如火如荼，白崇禧连忙给在香港的新桂系后期第三号人物、前广西省长黄旭初写信。他在信中无一言谈到自己在台湾的个人得失，无一字谈及私人情谊，而是通篇都在分析时局和国军反攻大陆的可能性。他告诉黄说，美国很可能跟中共直接交战，那时就是台湾反攻大陆的最好时机，国军的反攻战略应该是如何如何……他在信的结尾处写道：「弟待罪台湾，十有七年矣！日夜焦思国军何时反攻大陆，解救大陆同胞。」
1966年12月2日，73岁的白崇禧将军在台北猝逝。蒋介石下令给国军一级上将白崇禧举行了隆重公祭，葬礼备极哀荣。蒋介石亲笔题词颁发「忠贞为国」、「轸念勋猷」挽额及「旌忠状」，并第一个亲到景行厅向白崇禧遗体告别，三鞠躬致敬，并献花致祭。美国《纽约时报》当天自台北发布特讯报导，称赞白崇禧将军为「中华民国最杰出的军事战略家和将领」。
纵观白崇禧将军的一生，赤胆忠心，胸宽如海，不愧为名传后世的「千古战神」。他也是自三国诸葛亮之后，在中国历史上唯一获得「诸葛」美誉的将军。白崇禧将军一生，真正实践奉行了「富贵不能淫，威武不能屈，贫贱不能移」，他的高风亮节当永为世人所赞颂。
