諾亞方舟的故事出自《聖經‧創世紀》。
上帝造了亞當、夏娃之後，由於他們偷吃了禁果，被逐出伊甸園。據說亞當和夏娃活了930歲，他們的子女無數，後代子孫傳宗接代，越來越多，逐漸遍布整個大地。此後，漸漸產生了人類互相殘殺的悲劇。人類打著原罪的烙印，上帝詛咒了土地，人們不得不付出艱辛的勞動才能果腹，怨恨與惡念日增。人們無休止地相互廝殺、爭鬥、掠奪，人間變成了煉獄。
上帝看到了這一切，對人類犯下的罪孽心裏十分憂傷。上帝說：「我要將所造的人和走獸並昆蟲以及空中的飛鳥都從地上消滅。」但他希望新一代的人能悔過自新，建立一個理想的世界。
在罪孽深重的人群中，只有諾亞在上帝眼前蒙恩。《創世紀》記載：「諾亞是個義人，在當時的世代是個完全人。」他的三個兒子閃、含與雅弗在父親的嚴格教育下也沒有誤入歧途。
於是，上帝選中了諾亞一家：諾亞夫婦、三個兒子及其媳歸八口，作為新一代人類的種子。上帝告訴他們7天之後就要實施大毀滅，要他們用歌斐木造一隻方舟，分一間一間的造，裏外抹上松香。這隻方舟長300肘（以一肘等於0.52公尺計算，約是157公尺），寬50肘（26.2公尺），高30肘（15.7公尺）。方舟上邊要留有透光的窗戶，旁邊要開一道門。方舟要分上、中、下三層。
上帝看到方舟造好了，就說：「看哪，我要使洪水在地上氾濫，毀滅天下，凡地上有血肉、有氣息的活物無一不死。我卻要與你立約，你同你的妻子、兒子、兒媳都要進入方舟。凡潔淨的畜類，你要帶七公七母；不潔淨的畜類，你要帶一公一母；空中的飛鳥也要帶七公七母。這些都可以留種，將來在地上生殖。」2月17日那天，是諾亞600歲生日，海洋的泉源都裂開了，巨大的水柱從地下噴射而出，大雨日夜不停，降了整整40天。水迅速地上漲，漫過最高的山巔。凡是在旱地上靠肺呼吸的動物都死了，只留下方舟裏的人和動物安然無恙。
220天之後，方舟在亞拉臘山附近停下，且洪水也開始消退。又經過了40天之後，亞拉臘山的山頂才露出。諾亞打開方舟的窗戶，放出一隻烏鴉去探聽消息，但烏鴉一去不回。諾亞又把一隻鴿子放出去，要牠去看看地上的水退了沒有。由於遍地是水，鴿子找不到落腳之處，又飛回方舟。7天之後，諾亞又把鴿子放出去，黃昏時分，鴿子飛回來了，嘴裏銜著橄欖葉，明顯是從樹上啄下來的。再過7天，諾亞又放出鴿子，這次鴿子不再回來了。諾亞601歲那年的1月1日，地上的水都退了。到2月27日，大地全乾了。於是，上帝對諾亞說：「你和妻、兒、媳婦可以出舟了。你要把和你同在舟裏的所有飛鳥，動物和一切爬行生物都帶出來，讓牠們在地上繁衍滋長吧。」於是，諾亞全家和方舟裏的其他所有生物都出來了。後世的人們就用鴿子和橄欖枝來象徵和平。
