1938年初，國民政府和軍事委員會遷移武漢後不久，白崇禧在全中國率先提出「以游擊戰配合正規戰，積小勝為大勝，以空間換時間」的持久戰戰略思想，旨在把日軍拖入中國廣大內陸的泥淖裡面，拖長日軍的補給線，從而由軍事戰發展為政治戰、經濟戰，向敵軍發動長期總體戰，削弱敵軍優勢，最終戰勝日軍。此一戰略思想為蔣介石所採納，成為國策和抗日最高戰略方針，對贏得整個抗戰勝利起到了極其關鍵的重大作用。中共日後利用投共的李宗仁機要祕書程思遠偽造歷史，稱白崇禧提出的持久戰戰略思想是因為受到毛澤東1938年5月發表的《論持久戰》的啟發。但是，大陸著名學者楊天石經過多方考證，發表專文說明，中共所稱實為謬論。
1939年12月，白崇禧統帥指揮第4戰區司令長官張發奎所部二十五個師共十五萬四千多國軍，包括第5軍杜聿明所部的戴安瀾、邱清泉、鄭洞國等精銳之師，兩度重挫消滅包括日寇「鋼軍」在內的日軍精銳，取得了抗戰以來首場攻堅戰的勝利－－崑崙關攻堅戰大捷。1944年，日軍為了攻占戰略要地桂林，共集結了近七個師團，十五萬兵力，三百多輛坦克，三十多架飛機，大量重炮。白崇禧主動請纓，緊急自重慶趕赴桂林做戰役部署，指揮不足二萬名桂軍及廣西民團在無坦克飛機並缺乏火炮重兵器支援的苦境下，單憑輕兵器擊斃一萬六千名來犯日軍，創造了日軍侵華作戰平均單日最高戰亡兵員數，漓江之水被中日兩軍之血染為紅色。在日本人的戰史中，桂林保衛戰是日本侵華戰爭中兩次認為中國軍隊的勇猛程度要超過自己的戰役之一，另一次則為白崇禧任總指揮的崑崙關戰役。
此外，桂林行營主任白崇禧還指導了第九戰區司令長官薛岳在長沙的三次會戰。八年抗戰，白崇禧以軍委會副參謀總長身分先後兼任軍訓部長、校閱部主任委員、桂林行營主任、海軍整建委員會主任等要職，不僅參與制定了國軍各階段對日作戰計畫，參與策劃指揮多場大型會戰，還為國軍訓練了二十萬軍事指揮人員，為贏得抗戰勝利作出了重大貢獻。1944年1月1日，國民政府授予他青天白日勳章。
戰四平白崇禧大敗林彪棄良將蔣介石痛失大陸
白崇禧與國民黨內大多數人物不同，他對共產黨認識的非常深刻透澈，他認為共產主義是中華民族曠古未有之禍害，必須堅決肅清。白崇禧一生，反共立場始終堅定如一，從不因為中共之蠱惑而有過絲毫動搖。
1945年抗戰勝利後，白崇禧便一再強調：「對中共問題，除武力外，別無解決辦法。」10月，國共簽署雙十協定，國民政府開始整編裁軍，計畫將國軍由四百萬裁減到二百萬，由陳誠具體負責。李宗仁、白崇禧堅決反對，質疑此舉恐「為匪壯勢」。11月，白崇禧在參加復原整軍會議前，期期認為不可裁軍。他主張先剿共而後整軍裁軍，遂向蔣介石鄭重建議，應乘抗日戰勝餘威，先將中共徹底剿滅，而後行憲，否則將給中共以可乘之機坐大。戰後急於從事經濟建設和推行民主憲政的蔣介石又未予採納，事後局勢之發展證明白崇禧的預見完全正確。
東北地區在抗戰後的國共內戰中，具有決定彼此生死存亡的重要性。日本投降之後，蘇聯紅軍迅速占領東北，把日本關東軍的軍火裝備提供給中共。據當時的報告，林彪共軍接受了「槍支十萬支，大炮數千門及彈藥、布匹糧食無數」。就在幾個月前，整個八路軍總共只有154門炮。蘇軍把投降的偽滿洲國二十萬軍隊交給中共整編，再加上成千上萬新近失業的男子，為生活只好當兵，使得林彪共軍從最初的六萬人轉瞬就發展到三十萬，並成為共軍中作戰能力最強的部隊。林彪是共軍將領中最能戰的「常勝將軍」，號稱東北「黑土地之狐」，率領四野占領了長春、哈爾濱、齊齊哈爾等重要城市。毛澤東命令林彪「不惜任何犧牲」、「死守長春」、「死守四平，寸土必爭」。
1946年4月，國共雙方在東北戰略重鎮吉林省四平開始了第一次主力決戰。原先蔣介石曾下令限東北行營4月2日前攻下四平，可是國軍北上進展遲緩，前後拖延幾近兩月，中間尚有挫敗，蔣介石為此十分焦急。當戰事持久拉鋸不下，雙方攻守最激烈的時刻，5月17日，蔣介石派首任國防部長白崇禧飛赴東北督戰。「小諸葛」一到東北，即召開軍事作戰會議，國軍士氣大振。18日，白崇禧偕東北保安司令杜聿明赴前線指揮所督戰，指揮杜屬下孫立人新一軍、廖耀湘新六軍、陳明仁七十一軍分三路向四平林彪共軍進逼包抄。國軍只用三天時間，於19日便徹底攻克收復四平，將林彪十多萬共軍打得丟盔棄甲，傷亡數萬，林彪化妝成伙夫隨殘兵敗將狼狽逃竄到哈爾濱。
此時林彪共軍奄奄一息，正是徹底殲滅東北共軍的千載難逢良機。白崇禧不顧蔣介石的指示，下令國軍繼續乘勝追擊，自己立即飛返南京，向蔣介石當面解釋，並提出窮追猛打，一舉拿下哈爾濱、齊齊哈爾、佳木斯、滿州裡等重要城市，徹底剿滅東北共軍、並乘機揮師殲滅華北聶榮臻共軍的全盤計畫。他還向蔣介石提出，自己希望能繼續留在東北督戰或者乾脆直接指揮戰鬥。蔣介石沒有同意，而是下令白崇禧立即返回南京主持國防部事，不要再管東北戰事。在此國共雙方生死存亡之關鍵時刻，將被滅頂的中共慌忙乞求和談，美國總統特使馬歇爾受周恩來所蠱惑，八次上廬山對蔣介石施以高壓，蔣介石被迫宣布東北停戰。林彪殘兵敗將因此而得到喘息機會，死灰復燃，從此國共雙方軍事力量驚天大逆轉，最後東北和華北一併淪陷於林彪共軍之手，此乃白崇禧將軍一生的憾恨。
1948年10月，國軍在東北遼瀋戰敗已經成為定局。白崇禧提前4個月便向蔣介石提出「守江必守淮」的戰略原則，並建議華中只設一個剿匪總司令部，由他自己統一指揮中原大軍，集中兵力運用攻勢防禦，堅持長期對共軍作戰。蔣介石拒絕了白崇禧的建議，任命劉峙為戰略位置更重要的徐州剿總司令，任命白崇禧為華中剿總司令駐守武漢。白崇禧當時便告訴蔣介石說：「中原大軍分割使用，將來必敗無疑。」此後劉峙奉命在徐州地區把幾十萬國軍精銳擺成一字長蛇陣，結果被六十萬共軍集中優勢兵力分割包圍。
此後蔣介石看到敗象凸顯，大勢不妙，於是同意啟用白崇禧統一指揮中原兩大剿總，又重新回到白崇禧4個月之前就提出的「守江必守淮」作戰原則。但此時敗局已定，共軍隨時可能發動淮海戰役，重新調整部署幾十萬國軍已經沒有時間了。白崇禧在整夜痛苦思考後，認為在徐蚌戰場投入兵力越多越徒增國軍的損失，遂拒絕就任總指揮。白崇禧離開南京返回武漢華中剿總的第六天，六十萬陳粟、劉鄧共軍就發起了淮海戰役。由於國防部高級潛伏共諜郭汝槐和劉斐預先將國軍作戰計畫密報中共，盜用國防部名義引國軍陷入共軍包圍圈，並誤導蔣介石做出錯誤判斷，數次更改作戰命令，最終五十五萬蔣介石黃埔精銳在淮海被共軍全殲。
臨危難表忠心拒不投共辭世前謀奇策反攻大陸
1949年，國民黨兵敗如山倒，許多國軍高級將領見大勢已去，紛紛叛變投共。在共軍攻擊華中、華南前後，毛澤東、周恩來多次派密使企圖策反白崇禧，甚至派人一直追到了廣州、廣西進行策反誘降。毛澤東甚至表示：「只要白健生願意倒戈起義，一切好商量，此公好帶兵，如願起義，可繼續帶兵，建國後可讓他帶五十萬國防軍！」然而，白崇禧不為所動，仍然效忠於國民黨和蔣介石，拒絕投共。他對勸降者說：「漢賊不兩立，自古歌頌的只有斷頭將軍，絕無投降將軍。」
白崇禧將軍一生中最難的決斷莫過於他在1949年國難之時決定去台灣。臨行前，他的多年至交立法委員何遂勸其慎行，並勸其乘機投共。白崇禧回答說：「我自追隨蔣公北伐以來，殆逾二十載，既處遇順境，亦處遇逆境，一生一世歷史第一，我必對歷史有所交代，生死利害，在所不計，君勿為此喋喋也。」
英明的白崇禧將軍早已洞察了中共之陰毒邪惡，以與中華民國共存亡的決心，再度捨棄跟蔣介石的個人恩怨，從海南島飛赴台灣。在1949年那個最艱難困苦的時刻，有人爭一時，有人對千秋，而白崇禧將軍做出了無愧於歷史千秋、無愧於中華民族的偉大抉擇。
1949年12月30日，白崇禧乘機抵達台灣。當時美國尚未跟台灣簽訂護衛台灣的防衛協議，台灣前景暗淡不明，風雨飄搖，陷入一片混亂，經濟落後，物質生活貧乏，很多人到台後又悄悄去了美國、日本、泰國或香港等地。而白崇禧到了台灣之後，卻把二十多位親屬從香港全部帶到台灣。全家人住在台北松江路一幢舊式普通平房中，一直住到1966年白崇禧去世，每逢天下雨，白崇禧夫婦的臥室屋頂都會漏雨。
由於歷史上的複雜原因，加上李宗仁在美國屢屢給蔣介石難堪，最後又不聽白崇禧多年以來的苦心勸告，一意孤行從美國前往北京投共，白崇禧因此在台灣備受冷落甚至難堪。有一些朋友很不理解，但是白崇禧卻回答說：「大陸丟了，我們是現役軍人，負很大罪過，中央不處罰我，自己良心自責。台灣是復興基地，祖國領土就只剩這一點點，希望在這生根發展回去，除此之外，現役軍人死無葬身之處，跑到哪裡去？」
1965年7月，白崇禧臨去世前一年，此時他已經完全在一切軍政權力之外，甚至屢受難堪和屈辱，但他心中最關心的依然是中華民國的前途，念念不忘光復中華河山，解救大陸同胞。當時美國跟越南共產黨正打得如火如荼，白崇禧連忙給在香港的新桂系後期第三號人物、前廣西省長黃旭初寫信。他在信中無一言談到自己在台灣的個人得失，無一字談及私人情誼，而是通篇都在分析時局和國軍反攻大陸的可能性。他告訴黃說，美國很可能跟中共直接交戰，那時就是台灣反攻大陸的最好時機，國軍的反攻戰略應該是如何如何……他在信的結尾處寫道：「弟待罪台灣，十有七年矣！日夜焦思國軍何時反攻大陸，解救大陸同胞。」
1966年12月2日，73歲的白崇禧將軍在台北猝逝。蔣介石下令給國軍一級上將白崇禧舉行了隆重公祭，葬禮備極哀榮。蔣介石親筆題詞頒發「忠貞為國」、「軫念勳猷」輓額及「旌忠狀」，並第一個親到景行廳向白崇禧遺體告別，三鞠躬致敬，並獻花致祭。美國《紐約時報》當天自台北發布特訊報導，稱讚白崇禧將軍為「中華民國最傑出的軍事戰略家和將領」。
縱觀白崇禧將軍的一生，赤膽忠心，胸寬如海，不愧為名傳後世的「千古戰神」。他也是自三國諸葛亮之後，在中國歷史上唯一獲得「諸葛」美譽的將軍。白崇禧將軍一生，真正實踐奉行了「富貴不能淫，威武不能屈，貧賤不能移」，他的高風亮節當永為世人所讚頌。
