有鑑於中國大陸能耗雙控的政策影響，越來越多台商企業面臨產線停工的困境。對於在中國大陸有兩個以上據點的台商則展現韌性，積極調配中國大陸境內關聯公司相關的產線排程、人力支援，以滿足客戶訂單交期的需求。雖然中國大陸政府承諾電力保供，但近期作為供煤大省的山西遭遇難得一見的秋汛大雨，導致煤炭供給一度告急，對於台商未來調整供應鏈增添許多挑戰。
資誠聯合會計師事務所兩岸商務與稅務服務會計師徐丞毅表示，過去台商較為重視的是跨境關聯交易，而對於境內關聯交易則不認為會有什麼稅務風險，但其實這是錯誤的理解。依據《特別納稅調查調整及相互協商程序管理辦法》，「實際稅負相同的境內關聯方之間的交易，只要該交易沒有直接或者間接導致國家總體稅收收入的減少，原則上不作特別納稅調整。」真正的重點在於實際稅負相同。
徐丞毅分析，台商受到這波供應鏈調整的影響，境內關聯方的轉單、資金使用或人員調派勢必隨之改變。倘若有一家公司適用企業所得稅優惠(例如：享受高新技術企業、享受前海、橫琴或海南的經濟特區、或享受西部大開發的地區等15%的優惠稅率)，另一家則按25%的名目稅率納稅，則境內關聯交易仍有一定的風險。
此外，台商總部一般較難有效管控境內關聯交易，可能總部統一調度境內關聯企業生產出貨，待年底時才由境內關聯方逐一按客戶的訂單對象一次性開票給相應的境內關聯方。徐丞毅表示，中國大陸增值稅大多是按月繳納，企業所得稅大多則季度繳納。按稅法規定，增值稅與企業所得稅納稅義務發生時點為貨物出貨當天，因此若有前述情況則可能面臨未來收入調整或補更正申報稅款。
對於擅長進出口賺取外匯的台商而言，境內關聯交易是較容易疏忽的環節。徐丞毅建議，台商應重新審視境內關聯企業的價值鏈分布情況、適度準備對應轉單契約和適當佐證文件、把握增值稅和企業所得稅納稅義務發生時點、年底匯算清繳時如實申報關聯交易情況，以降低中國大陸稅務機關透過大數據查核的稅務風險。
