行政院2021年9月9日拍板《生技醫藥產業發展條例》草案，將新興的醫療領域如再生醫療、精準醫療、受託開發製造（Contract Development and Manufacturing Organization，簡稱CDMO）生技代工業納入租稅優惠適用範圍，引領資金投入、強化留才攬才、培養新興科技護國群山，打造下一個十年生技產業榮景。
對此政策東洋藥品董事長、前行政院長林全有不同意見，他認為政府可對有技術含量的研發給予獎勵，CDMO只是企業經營模式的一種，不是每個委託研究都一定有技術含量，政府不宜對特定經營模式給予獎勵。由這爭議來看，租稅獎勵雖已持續數十年且爭論不斷，但可能很多人仍然不太明瞭租稅獎勵的學理或道理。
政府該獎勵的是「外部利益」
租稅獎勵的基本原理，其實和處罰汙染是一樣的，就是要把私人行為的外部成本和利益內部化，使私人行為更符合社會的利益，以提高全社會的效率及發展。汙染行為若不被處罰，汙染者就會藉汙染這種使別人和社會受害的行為，來降低自己的成本而獲利，以致造成汙染的產品及汙染行為過多而傷害社會整體的利益。
道理相同而方向相反的是，有些行為的部分利益不歸行為者而歸於全社會，也就是會產生外部利益。例如有些研究發展的成果研究者不能獨享，社會卻有很多人可以共享其利益，因此政府可能要給一點獎勵，否則研究者只由自己的利益去盤算時，可能不願做某些對社會整體有利的研究。這是租稅獎勵的基本原理，討論相關政策時應該由這基本原理出發。
但實際的政策和法規常不能只訂這種較抽象的原理，而要訂出一些具體的行為甚至產品和產業才容易執行。例如三十多年前依這種外部利益的理論制定的《促進產業升級條例》，就以研發和人才培訓等具有外部利益的行為做為獎勵的方向，並劃定可以接受獎勵的產業範圍。
換言之，真正要獎勵的是外部利益，研發是因為被認為可能有外部利益而得到獎勵，政策要獎勵的更不是和研發有關的技術。但有些人卻誤以為研發或技術就是獎勵的目的，我們在制定和評論政策一定要掌握這個道理，才不會出差錯。CDMO是否該獎勵及該如何獎勵，也該由外部利益這基本道理來討論。
林全董事長認為政府可以對有技術含量的研發給予獎勵，但CDMO這種委託研發不一定都有技術含量，而最有技術含量的研發往往都是公司自行研發並由公司自行掌控卻被排除在獎勵之外。所以他並不贊成對CDMO的獎勵。這種主張雖值得參考，但其盲點就在於把獎勵的目標放在「高技術含量」，而不是前述「高外部利益」，而研發的技術含量卻不見得和其外部利益有密切關聯，有些不是很高深的技術也可能對社會有很大的貢獻。
高技術含量的研發若是如林董事長所言由公司自行掌控研發，且自行運用而獲利而未外溢利益給社會其他人，理論上更不見得需要政府給予獎勵。簡單地說，林董事長的目標是獎勵高技術含量的研發，而政府在自由經濟的原則下，通常合理的目標卻是補償或獎勵有外部利益的研發和其他行為。政府決策者應分清兩者的差異，才能想清楚獎勵政策該怎麼做。
國際合作也要基於「外部利益」
而從外部利益的觀點，國際合作或委託研發生產這類活動，在全球肺炎及貿易爭議之後，可能具有比以前更重要的外部利益而值得政府注意。肺炎和貿易爭議將使全球分工方式發生重大改變（請參閱：陳博志，〈肺炎後的全球新分工趨勢〉，《台經月刊》43卷7期，2020年7月），其中包括各國要提高某些重要產品的自給率、要找可信賴的對象合作、生產鏈減少分段以及各國走向水平貿易等新方向，都可能需要有更多國際合作及委託研發，以及由其中產生的外部利益。
合作研發是全球本來就該發展的方向。國際經濟合作最早是產品互通有無，然後走向依「比較利益」分工生產各種產品來貿易，後來又向上發展出生產要素的交流合作，如國際投資及人才和技術的流動。未來在技術研發上有更多國際合作以兼用各國的長處來降低研發成本及提高研發成果，應是很自然的發展。
一國不能參與國際研發合作，將像以往若不參與國際生產合作而單打獨鬥會使競爭力偏低一樣，會減損本國研發乃至經濟發展的能力。所以政府應設法排除國際合作研發不必要的障礙，並對研發合作中具有明顯外部利益的項目給予獎勵。
由於肺炎所曝露的風險以及美中貿易爭議顯示，某些國家和廠商用不公平政策奪取別人技術和生產的現象，將促使未來大家都會想找較可靠的合作伙伴，因此可信賴的廠商及國家將可得到更多合作機會。而在知識經濟時代，研發乃是生產的重要上游活動，企業若在研發階段就能相互合作，生產的合作將更為可能。研發的合作及其成果技術的共有，也將使彼此有更大的互信或者相互制衡，因此更易成為可以信賴的合作對象。所以我們若有更多國際研發合作，將可以有更多生產合作的機會、更可信賴的國家形象，以及更多進一步促成國際合作的技術及人才網絡等等外部利益。
貿易戰和疫情後的國際合作
肺炎疫情爆發之後，各國都想提高某些重要產品如藥品和晶片的自給率，但若很多國家同時研發及生產同一種產品，將可能使生產和研發在各國都失去規模經濟。跨國合作或委託研發不只可以降低研發成本，也因為技術的合作與共享，而較能減輕產能在外國時斷貨的顧慮。有共同研發的成果之後，即使要將產能分配到各國以滿足各國自給率的要求，也可以基於共同利益而做較合理的安排。
例如合作各國可採取水平分工，平時用共有的技術在各國分別生產相似但設計和功能略有不同的產品，並透過貿易讓各國人民都能享有多樣化的產品，且各國生產都得到規模經濟以降低成本。而在萬一貿易因外在因素受阻時，各國生產單一產品的設備仍可藉共有技術，以稍高成本生產多樣產品以滿足必要的需求。國際生技醫藥的合作研發，可能就具有這種必要時提高重要藥品之自給率的功能，而具有社會外部利益。
肺炎和貿易爭議的結果，為了降低風險及避開不可信賴的合作對象，有些國際生產鏈的分工將不再像以前為了降低成本而分得那麼細。參與一條生產鏈的合作國家將會減少，生產鏈將由像一串珍珠變成像一串香腸，能參與的國家則會分到比以前更長的一段。但其能分到的條件是該國在這整個一段的生產都要有相當的技術和生產能力，而且整段合計的競爭力不能太低。
換言之，若這段之中有一些地方我國比別國差太多，我們就可能整段都得不到參與國際合作或生產鏈的機會。這時爭取國際合作，包括研發合作，以將這一小段能力補足而讓整段生產鏈都有機會，就可能是外部利益甚大的做法。這也顯示CDMO或其他國際合作是否值得政府獎勵，有很多值得詳細研究評估的地方，不是只有技術含量一項。
